Terveys & tiede

Vasta-ainetestit eivät kykene poimimaan väestöstä niitä yksilöitä, jotka ovat immuuneja koronalle

Tieto siitä, kuka on sairastanut koronan, on arvokasta siinä vaiheessa, kun alamme purkaa rajoitteita. Olisi hyödyllistä tietää, kuinka moni ja ketkä ovat jo mahdollisesti turvassa infektiolta.

Äkillisen koronainfektion toteamiseen käytämme viruksen rakenteiden havaitsemista PCR-nimisellä tekniikalla. Jos testi havaitsee virusta, se on luotettava merkki infektiosta.

Negatiivinen tulos ei tietenkään kerro sitä, onko henkilö sairastunut koronainfektion joskus aiemmin.

Tämänhetkisen käsityksen mukaan yli puolet sairastaa koronan täysin oireettomasti. Siten emme tiedä kuinka moni ja ketkä ovat taudin sairastaneet ja mahdollisesti jo immuuneja sairaudelle.

Vasta-ainetestit ovat toimivia

Vasta-aineiden määrittäminen antaa tietoa siitä, onko tauti jo sairastettu. Jos oletamme, että sairastettu tauti antaa suojan, taudin sairastanut henkilö voidaan vapauttaa rajoitteista.

Koronan vasta-ainetestejä on kehitetty ja ne ovat osoittautuneet toimiviksi. Muun muassa Yhdysvalloissa on hyväksytty ensimmäisen kaupallinen Cellex-nimisen yrityksen testi COVID-19 –virukseen. Testin herkkyydeksi on ilmoitettu 93,8 prosenttia ja tarkkuudeksi (spesifisyydeksi) 95,6 prosenttia. RayBiotech ilmoitti testinsä herkkyydeksi 95 prosenttia ja tarkkuudeksi 91 prosenttia.

Herkkyys tarkoittaa sitä kuinka suuren osan sairastuneista testi kykenee löytämään. Tarkkuus tarkoittaa sitä, kuinka moni oikeasti negatiivisista saa negatiivisen tuloksen

Muissakin laboratorioissa Euroopassa ja Suomessakin on kehitetty vastaavia testejä. Niiden herkkyys ja tarkkuus lienevät samaa luokkaa.

Mahtavaa, eikö totta. Nyt siis testit vain laulamaan ja vapautamme ihmiset karanteenista testituloksen perusteella?

Todellisuus on karumpi

Koska testin tarkkuus ei ole läheskään sataa prosenttia, syntyy yksilön testituloksen tulkinnassa klassinen haaste: Kun taudin esiintyvyys on väestössä matala, suurin osa positiivisista testituloksista on vääriä positiivisia.

Toisin sanoen, kun henkilö on saanut vasta-ainetestistä positiivisen tuloksen eli hän olisi testin mukaan sairastanut koronainfektion, tulos on todennäköisemmin väärä kuin oikea.

Siten pelkän positiivisen testituloksen perusteella ihmisen vapauttaminen rajoituksista on huomattava riski henkilölle itselleen.

Miten tämä on mahdollista? Juurihan totesin, että testin herkkyys ja tarkkuus ovat erinomaisia, jopa yli 90 prosenttia.

Taudin yleisyys vaikuttaa keskeisesti testin toimivuuteen

Tämän ilmiön selittää universaali ilmiö, joka on tuttu kaikille diagnostisten testien kanssa toimiville: Taudin ennakkotodennäköisyys eli yleisyys vaikuttaa keskeisesti testin luotettavuuteen.

Kun tauti on testattavassa väestössä harvinainen, kuten tilanne koronan osalta tällä hetkellä on, vääriä positiivisia tuloksia tulee hurjasti enemmän kuin oikeita positiivisia, vaikka testi olisi toimiva.

Tätä havainnollistaa alla oleva käyrä. Kuvasta voi arvioida, että jos tautia on väestössä 1 prosentilla, yli 90 prosenttia positiivisista testituloksista on virheellisiä positiivisia eivätkä nämä henkilöt tietenkään ole suojassa koronainfektiolta.

Vaikka taudin esiintyvyys olisi huomattavasti suurempi, esimerkiksi 5 prosenttia, vielä puolet positiivisista tuloksista on vääriä positiivisia. Vasta kun tautia on joka kolmannella suomalaisella, positiivisista yli 90 prosentti on oikeastikin sairastanut taudin.

Tällä hetkellä emme tiedä, kuinka suuri osa väestöstä on Suomessa sairastanut koronan. Tiedämme, että testatuista 7 prosenttia on saanut positiivisen virustestituloksen. Oireettomilla ja väestössä tuo osuus on varmasti huomattavasti pienempi.

Islannissa selvitettiin hiljattain, että alle 1 prosenttia väestöstä olisi sairastanut koronan. Yksi prosentti suomalaisista tarkoittaisi 55 000 sairastanutta. Nyt diagnosoituja on reilut 2 000. Yhden prosentin arvio tuntuu uskottavalta myös Suomen osalta.

Käyrän laatija Zachary Binney

Kuinka luotettava testin pitäisi olla, että se riittäisi yksilön tartunnan arviointiin?

Tätä on tarkasteltu alla olevassa taulukossa.

Keltaisessa taulukossa on esitetty tilanne, jossa testin herkkyys on 99 prosenttia ja tarkkuus 95 prosenttia. Olettakaamme, että taudin esiintyvyys on 5% (eli huomattavasti suurempi kuin se on tänään Suomessa). Tällöin testin positiivisen tuloksen ennustearvo on 51 prosenttia. Eli positiivisista tuloksista 49 prosenttia on vääriä positiivisia.

Alemmassa punaisessa taulukossa on laskettu, kuinka suuri tarkkuden pitäisi olla, jotta 90 prosenttia positiivisista testituloksista olisi oikeita positiivisia. Laskelma osoittaa, että tarkkuuden pitäisi olla peräti 99,42 prosenttia!

Ongelmaa voidaan osin ratkaista sillä, että valikoidaan testaukseen se osa väestöstä, jossa taudin esiintyvyys on suurempaa. Tällöin vasta-ainetestin tulos on selvästi luotettavampi. Niillä, joilla on selkeästi suurempi todennäköisyys ollut saada infektio, kuten sairastaneen perheenjäsenillä ja muilla koronalle altistuneilla vasta-ainetestin tarkkuus voi riittää.

Testaus väestön tilanteen selvittämiseksi

(lisäys 8.4.2020). Väestön tilanteen selvittämiseksi testaus on kuitenkin hyödyksi. Vaikka yksittäinen testi ei yksilön kohdalta olekaan riittävän luotettava, väestön tasolla tarkkuus riittää.

Jos esimerkiksi testaamalla todetaan, että 2%:lla väestöstä olisi vasta-aineita, voimme päätellä että esim. 0,5-3% väestöstä on koronan sairastanut. Tämä tarkkuus on riittävä sillä tuon perusteella tiedämme, että luku ei ole 10% tai vaikkapa 30%. Tämä tieto on hyödyllistä kun mietimme miten ja milloin rajoitteita voidaan purkaa.

Myös testin tarkkuutta voidaan parantaa tekemällä ensiksi pikatesti ja sitten sen jälkeen positiivisille kvantitatiivinen vasta-ainetiitterin mittaus. Vasta-ainetason raja voidaan nosta niin ylös, että tarkkuus on riittävä myös yksilön tasolla. Näin käsittääkseni juuri THL:n aloittamassa testauksessa toimitaan.

Tämän parantuneen tarkkuuden hintana on, että testauksen herkkyys huononee merkittävästi. Lopulta positiivisen testituloksen saaneiden määrä pienenee kyllä huomattavasti ja voimme todeta, että positiiviset ovat oikeastikin taudin sairastaneet. Samalla herkkyyden huonontuessa, yhä useampi taudin todellisuudessa sairastanut saa testissä negatiivisen tuloksen.

Tämä keinulautailmiö on hyvin tunnettu ja universaali. Parantamalla tarkkuutta, menetämme herkkyyttä ja parantamalla herkkyyttä, menetämme tarkkuutta.

(lisäys 9.4.2020) Viime päivinä väestön laajamittaista vasta-aineiden mittaamista on myös kritisoitu kustannusten vuoksi. Kun tartuntoja on väestössä vielä vähän, yhden vasta-ainepositiivisen löytäminen tulee maksamaan kymmeniä tuhansia euroja.

Yhteenveto

Epidemian tässä vaiheessa on ymmärrettävää, että suunnitellaan ulospääsyä rajoituksista. Vasta-ainetestit antavat kyllä tietoa siitä kuinka laajasti tauti on levinnyt väestöön, ja tämä tieto on sinänsä arvokasta.

On myös luonnollista ajatella, että vasta-ainetesteillä voitaisiin havaita ne henkilöt, jotka ovat immuuneja ja heidät voitaisiin vapauttaa rajoitteista. Tämä ei kuitenkaan ole epidemian tässä vaiheessa yleisesti mahdollista, ainakaan nykyisillä testeillä.

Nähdäkseni ainoastaan seuraavat henkilöryhmät voidaan katsoa olevan taudille immuuneja:

  • Ne, joiden virustesti on ollut positiivinen ja jotka ovat siitä toipuneet.
  • Ne, joilla on ollut koronainfektion tyyppisiä oireita ja joiden vasta-ainetesti on positiivinen.
  • Ne, joilla on selkeästi suurempi todennäköisyys ollut saada infektio, kuten sairastaneen perheenjäsenillä ja muilla koronalle altistuneilla, kun vasta-ainetesti on positiivinen.

Oireettomien ja laajemman väestön osalta vasta-ainetesti ei kykene yksilötasolla kertomaan luotettavasti, onko sairastanut koronaa. Positiivisen testituloksen saanut henkilö ei todennäköisesti ole suojassa taudilta.

(muokattu 8.4.2020) Mahdollisesti usean, eri vasta-aineita havaitsevan testin ja kvantitaviivisen vasta-ainetiitterin mittaaminen peräkkäin voisi lisätä tarkkuutta niin, että voisimme käyttää tulosta myös yksilötasolla. Tällöin kuitenkin menetämme testauksen herkkyyttä.

(muokattu 9.4.2020) Väestön sairastavuuden mittaamiseen testit ovat riittävän luotettavia ja niillä saadaan hyödyllistä tietoa, kuinka moni on koronan jo sairastanut mutta testaamisen kustannustehokkuutta on myös kritisoitu.

149 kommenttia

  1. En ymmärrä tätä väitettä, että kun taudin esiintyvyys väestössä on matala, suurin osa testituloksista on vääriä positiivisia. Mistä voit tietää, että taudin esiintyvyys on matala? Sitähän juuri ei tiedetä.
    Monet ovat sairastaneet aivan selvät koronan oireet jo helmi-maaliskuun aikana, mutta eivät ole päässeet testeihin, koska perusterveet eivät pääse. Yksittäisiä tautiryppäitä on saattanut olla jo tammikuussa, Aasian matkailijat ovat raportoineet. Useimmilla tauti ei johda sairaalakuntoon. Suomessa on testattu pääasiassa vasta terveydenhuollon henkilökuntaa ja matkustelleita. Ei edes heidän läheisiään ja lukemattomia heidän kanssaan tekemisissä olleita ihmisiä. Ei, vaikka on ollut oireita. Sairaus voi sitä paitsi jättää muitakin jälkiä kehoon, esim. keuhkoihin. Testeihin pääsyn kriteerit olivat aiemmin niin tiukat, että suurin osa oireilevista jäi testaamatta.

    Jos aloitettaisiin väestön massatestaaminen ja testauksessa todella suurella prosentilla tulisi postiiivinen tulos, eikö olisi syytä olettaa, että he ovat oikeasti positiivisia?

    1. Jos luit jutun, siellä oli tietoa ja arvio siitä, että todennäköisesti esiintyvyys on erittäin matala, josskin 1% tienoilla tässä vaiheessa.

      Tottakai väestöarviossa on nuo samat virheet mutta se ei ole kriittistä sillä jos testi antaa esiintyvyydeksi 2%, tiedämme esiintyvyys huitelee jossain 0,5-3% tietämillä eikä ole esim 10% tai 30%.

      1. ”Herkkyys tarkoittaa sitä kuinka suuren osan sairastuneista testi kykenee löytämään. Tarkkuus tarkoittaa sitä kuinka moni negatiivisista havainnoista on oikeasti negatiivinen.”

        Kuinka tarkalleen selvitetään, kuinka suuri osa sairastuneista jää löytämättä ja kuinka suuri osa negatiivisista havainnoista on oikeasti negatiivisia? Mikä on se mekanismi, jolla selvitetään, kuinka monta sairastunutta jäi huomaamatta? Jokin toinen, 100 % tarkka testikö? Jos tällainen referenssitapa on, miksei sitä käytetä suoraan testaamiseen, vaan ”vain”uusien testien tarkkuuden arviointiin? Sitä emme nimimerkin ”Kertoo ne testit” kanssa kaiketi ymmärrä. Vai onko niin, että herkkyys ja tarkkuus ovat vain arvioita?

        ”Tämän ilmiön selittää universaali ilmiö, joka on tuttu kaikille diagnostisten testien kanssa toimiville: Taudin ennakkotodennäköisyys eli yleisyys vaikuttaa keskeisesti testin luotettavuuteen. Kun tauti on testattavassa väestössä harvinainen, kuten tilanne koronan osalta tällä hetkellä on, vääriä positiivisia tuloksia tulee hurjasti enemmän kuin oikeita positiivisia, vaikka testi olisi toimiva.”

        Näin on, ok. Mutta joku voisi selittää, miksi näin on. Tällaisenaan tämä kuulostaa siltä, että tietty määrä testeistä antaa suoraan aina positiivisen tuloksen ja sairastuneiden määrän kasvaessa todellisten sairastuneiden määrä lähenee tätä testin antamaa sairastuneiden määrää.

    2. Jos 5% taudin saaneista joutuu sairaalaan, niin jo sairaalapotilaiden määrästä voidaan päätellä että taudin esiintyvyys väestön keskuudessa on hyvin matala. Vaikka vain 1% sairastuneista joutuisi sairaalaan, niin siitä huolimatta esiintyvyys on edelleen hyvin matala. Eli vastaus kysymykseesi on ei, tuollaista oletusta ei voi tehdä.

      1. Mistä tiedetään, mikä osa taudin saaneista joutuu sairaalaan, kun ei tiedetä paljonko taudin saaneita tosiasiallisesti on? Eli tässä vaiheessa voidaan tehdä VAIN oletuksia. Mikä niiden arvo sitten on, jää vielä pohdittavaksi.

    3. Keskustelu on pelkästään näköjään testin toimivuudesta, mutta jos ihmiset ostavat yksityisesti testejä esim.netistä, moni nyt näyttää hätäpäissään tekevän näin. Niin kuinka tästä saadaan mitään fakta lukuja?

      1. Yksityisesti ostettujen testien arvo henkilön osalta on mitätön, jos hän ei kuulu ryhmään, jossa sairastuminen on huomattavasti todennäköisempää. Esim ollut oireita, ollut koronapostiivisen kanssa kontaktissa, jne. Lisäksi nuo pikastestit ovat epäluotettavampia kuin laboratoriossa tehdyt testit.

  2. Minulla kesti hetken tajuta, että puhut tässä käyrän osalta nimenomaan satunnaisotannasta koko väestössä. Vasta loppupuolella kävi ilmi, että oireiden perusteella testiin hakeutuneita koskevat eri arviot.
    Käsittääkseni THL on nyt suunnittelemassa nimenomaan satunnaistestejä – tämän perusteella ko. suunnitelmassa ei ole mitään järkeä.

    1. Satunnaistesteissä on järkeä. Niiden avulla saadaan arvio kuinka suuri osuus väestöstä on sairastanut jo koronainfektionsa. Artikkelissa tämä tuotiin selkeästi esille. Testien avulla ei voida kuitenkaan luotettavasti etsiä koronalle immuuneja koska tarkkuus ei riitä. Tähän tarkoitukseen testin pitää olla huomattavasti tarkempi kuin koko väestöä koskevan arvion tekoon.

    2. THL:n tekemä testaus on kohtuullisen laadukkaasti toteutettu. Juhanin mainitsema ’false positive’ osumien mahdollisuus on eliminoitu kalliilla laboratoriotestillä. Jokainen positiivinen näyte siis analysoidaan vielä erikseen toisenlaisella kalliilla testillä, joka on 100% varma. Näin false positivejä ei voi esiintyä.

      THL:n käyttämän yhdysvaltalaistestin herkkyys on tietääkseni 97%. Tarkkuudesta ei ole tietoa. Systeemiä koeajettiin verikokeisiin viikko pari sitten, tällöin jokainen posiitiviseksi liputettu testi oli myös sitä kalliissa varmistuksessa.

      THL:n satunnaisotannan tuloksia on tietääkseni analysoitu tällä viikolla ja ensi viikolla varmaan kerrotaan jotain.

      Hyvä kirjoitus muuten Juhani Knuutilta! Kiitos oikein paljon! Pistä jatkossakin tulemaan tarinaa kun mieleen tulee kerrottavaa, lupaan muistaa yrittää vilkaista silloin tällöin.

  3. Hyvä kirjoitus, mutta tässä taisi mennä sekaisin taudin ennustearvo ja vöärien positiivisten todennäköisyydet. Testin sensitiovisyys ja spesifisyys ovat käsittääkseni testiin liittyviä suureita. Eli jos testin spesiifisyys on 90%, se tarkoittaa, että 1/10 testituloksesta on väärä positiivinen. Väärän positiivisen (tai negatiivisen) testituloksen todennäköisyys pysyy samana riippumatta siitä, mikä on testin ennustearno, joka taasen riippuu taudin prevalenssista. Tätä voi testata nelikenttätaulukossa helposti: testin spesifisyys/sensitiivisyys eivät muutu vaikka ennustearvo muuttuukin prevalenssin myötä. Todennäköisyys sille onko tautia on siis eri asia kuin todenmäköisyys väärälle testitulokselle.

    1. Kannattaa vielä pohtia asiaa. Se ja Sp ovat tavallisia suureita kun testin toimivuutta arvioidaan. Tässä tapauksessa kriitinen tekijä on PPV sillä haluaisimme käyttää testiä löytämään immuunit. Koska tautia on vähän, PPV on väkisin matala.

  4. Selvennön vielä: nelikenttätaulukossa ylh.vas>oik AB /alh vas>oik CD. Solut A (tauti+/testi+), B (tauti-/testi+), C(tauti+/testi-) ja D (tauti-/testi-). Sensutiivisyys A/(A+C), spesifisyys D/(B+D). Positiivinen ennustearvo: A/(A+B), neg ennustearvo: D/(C+D). Taudin prevalenssi (A+C)/(A+B+C+D). Elikkäs kun tautia on harvassa, todennäköisyys sille, että yksittäisen pos testituloksen saaneella on oikeasti tauti, on matala (tarvitaan usein toinen testi varmentamaan). Silti positiivisella testituloksella on yhä yhtä suuri todennäköisyys olla virhepositiivinen kuin silloin kun tauti on vallitsevampi (määräytyy testin spesifisyyden perusteella).

    1. Pääset arvioimaan tilannetta laskemalla PPV arvot taudin eri esiintymisluvuilla. Sillloin huomaat, että jos Se ja Sp ovat muuttumattomat, PPV laskee kun tautia on vähemmän.
      Mukanahan oli käyrä jossa PPV oli esitetty prevalenssin funktiona. (ei ollut itse tekemäni käyrä).

      1. Kyllä näin, mutta vaikka prevalenssi on matala, se ei tarkoita että yksittäinen positiivinen testitulos olisi sen todennäköisemmin virhepostitiivinen (virhepositiivisen todennäköisyys säilyy samana, jos spesifisyys 90%, virhepos.tod.näk pysyy 10%:ssa vaikka taudin prevalenssi olisi alhainen tai korkea. Ainoastaan ennustearvo muuttuu: millä todennäköisyydellä on tauti, jos testi positiivinen. Kun tautia enemmän, on todennäköisempää että pos testitulos on merkki taudista kannattaa pyytää statistikon referenssiä, jos ei minun selitys vakuuta. Virhepositiivisuuden todennäköisyys sekoitetaan aika helposti taudin ennustearvon todennäköisyyteen. Haluan virlä sanoa, että sinun kolumnisi ovat nautittavia luettavis ja arvostan kovasti sitä, että oiot dis/misinformaatiota. Tämä vain kolahti epidemiologin sieluuni, joten oli pakko kommentoida.

  5. Hei, arvelen, että minuun ei coronavirus tartu sillai, että saisin taudin. Näin siki, että minun suolistossa on 70% immuunipuolustus soluja ja minä osaan niitä vahvistaa kasvikilla, hapantuotteet, liikunta, ei alkoo, ei tupakkaa,vältän lisättyä sokeria, vain vähä lihaa, ei makeutusineita, olen syönyt jo monta vuotta d vit 150–200 mikrogr/päivä ja mitään myrkytyksiä en ole kokenut, pesen kädet, käyn lenkillä, voimistelen, käyn kaupassa kun vähä väkee, vältän ihmisjoukkoja, syön semmosia ruokia, jotka vahvistaa immuunia, d vit tiedot kerään maailmalta, en Suomesta, minulla on hyvä verenpaine, kolesterooi hyvä, en liha, paino 60 kg, pituus 162–163cm, en tupakoi, en käytä alkoa, luen, alan pohtimaan kun asia sattuu kohalleen, kävelen luonnossakin. Joten en tule saamaan coronavirusta, näin arvelen

  6. Eikö väärien positiivisten ongelma ratkea pitkälti sillä, että kaikilta vasta-aineposiviisilta vasta-aineet testataan toisen kerran? Näin toimien väärän positiivisen tuloksen todennäköisyys on hyvin pieni.

    1. Ei välttämättä. Saman testin toistaminen ei automaattisesti korjaa tilannetta riittävästi, toki parantaa sitä. Saman testin toistaminen ei automaattisesti anna riippumatonta vastaavaa tietoa kuin edellinen. Toki metodologiset virheet voi vähentyä.

      Sitten tulee muistaa, että testin herkkyys ei ole 100% myöskään. Joten hyvä kysymys on, kuinka monta on enää jäljellä jos testin pitää olla positiivinen esim 3 kertaa toistettuna.

      Paras tapa parantaa osuvuutta on lisätä taudin esiintyvyyttä testattavassa väestössä. Töämä tapahtuu valikoimalla suuren tartuntariskin ryhmiä testaukseen.

      1. Jos ongelma on itse testin antamat väärät positiiviset, niin nähdäkseni testin toistaminen samasta verinäytteestä minimoi tämän harhan. Positiivinen olisi vain testi, joka samasta verinäytteestä antaisi kahdesti positiivisen tuloksen.

    2. Jos väärän positiivisen syy in ristireaktiivisuus (testissä tunnistetaankin positiivisena jokin muu vasta-aine), väärä positiivinen toistuu loputtomiin, testin herkkyyden rajoissa.

      Jos tehdään kaksi toisistaan riippumatonta testiä Cellexin testin suorituskykyspekseillä ja esiintyvyys väestössä on 1% ja positiivinen tulos toistetaan varmistukseksi, niin vääriä positiivisia jää silti 18%. RayBiotechin luvuilla vääriä positiivisia jää kahden kierroksen jälkeen peräti 47%. Testin uusiminen merkitsee myös sitä, että isompi osa positiivisista jää myös huomaamatta (kun vaatimus on 2 positiivista testiä).

  7. > 1) Herkkyys tarkoittaa sitä kuinka suuren osan sairastuneista testi kykenee löytämään. 2) Tarkkuus tarkoittaa sitä kuinka moni negatiivisista havainnoista on oikeasti negatiivinen.

    Tässä määritelmässä on jotain pielessä. Molemmat lauseet tarkoittaa samaa eli kuinka moni testitulos on negatiivinen vaikka oikeasti sen pitäisi olla positiivinen.

    1. Yritin vain verbalisoida tuota jakolaskua.
      Herkkyys on: oikeat positiiviset jaettuna oikeiden positiivisten ja väärien negatiivisten summalla.
      Tarkkuus (spesifisyys) on: oikeat negatiiviset jaettuna oikeiden negatiivisten ja väärien positiivisten summalla.

      Nyt kun käytämme testiä seulonnassa ja positiivinen tulos pitäisi kertoa, onko immuuni, olennainen suure on positiivisen tuloksen ennustearvo eli PPV. Se on: oikeat positiiviset jaettuna oikeiden positiivisten ja väärien positiivisten summalla.

      1. Ei van PPV = positiivisen tuloksen ennustearvo = oikeiden positiivisten tulosten määrä jaettuna oikeiden positiivisten ja väärien positiivisten summalla.

        Herkkyys = oikeiden positiivisten summa jaettuna oikeiden positiivisten ja väärien negatiivisten summalla.

  8. Väärien positiivisten aiheuttama ongelma lienee helpoin ymmärtää ajattelemalla tilannetta, jossa väestössä ei ole lainkaan sairastuneita. Tällöinhän kaikki positiivisen testituloksen saaneet ovat vääriä positiivisia.

    1. Juuri niin. Kun tautia sitten on lisääntyvästi, noista positiivisista havainnoista yhä suurempi osa on oikeita positiivisia.

  9. Maallikkona utelen, mikä aiheuttaa noin suuren määrän vääriä positiivisia tuloksia.

    1. Koska tarkkuus ei ole 100% vaan ”vain” 95%. Kun tällaista testiä käytetään tilanteessa, jossa taita on vähän, tämä tapahtuu vääjäämättä.

  10. Lockdown johtaa talouden syöksykierteeseen ja kaikkien kurjistumiseen. Epidemia ei pysähdy ennen kuin rokote on kehitetty tai n. 70%:n lauma-immuniteetti on saavutettu. Kesän ajaksi saattaa laantua, mutta uusia aaltoja on odotettavissa.
    Voisiko seuraavanlainen strategia toimia:
    1. kaikki riskiryhmään kuuluvat pysyvät karanteenissa.
    2. containment: rajoituksia / sulkuja höllennettäisiin tai kiristettäisiin sen mukaan, että kaikki tehohoitoon joutuvat pystyttäisiin hoitamaan.
    3. muutoin kaikki terveet työikäiset ja tarpeeksi sensitiivisellä IgG-va-testillä positiivisiksi todetut töihin noudattaen asianmukaista suojausta (maski) ja käsihygieniaa.

  11. Minun pointtini oli se, että tauti on oikeasti levinnyt paljon laajemmalle, kuin mitä tällä hetkellä tiedetään ja oireiset tartunnat ovat alkaneet jo mahdollisesti tammikuussa. Puhun ihmisistä, joilla on ollut siis oireita useiden päivien tai jopa parin viikon ajan. Hiljattain uutisoitiin, että THL:n kyselyyn olisi 60 000 ihmistä vastannut sairastaneensa koronaan sopivat oireet oman raportoinnin perusteella, mutta ei siis oltu testattu. (En nyt löytänyt linkkiä). Testien kriteerit ovat olleet niin tiukat Suomessa, että testiin ovat päässeet vain terveydenhuollon henkilökunta ja ulkomailla matkustaneet. Nykyisistä sairastamisluvuista puuttuu suurin osa helmi-maaliskuun tapauksista. Edelleen suurin osahan ei päädy sairaalakuntoon. Monet eivät päätyneet edes terveydenhuollon piiriin.

    Jos on sairastanut selvät taudin oireet ja sen lisäksi saa positiivisen vasta-ainetestin, niin kyllä tulos on silloin aika uskottava. Sairastaneen kehosta voi löytyä vasta-aineiden lisäksi muitakin jälkiä koronasta, toivottavasti niitäkin osataan etsiä ja löytää.

    Tämän lisäksi pitäisi edelleen etsiä runsaasti testaamalla niitä tuoreita tartuntoja. Jos niitä on paljon, eikö tuoreiden tartuntojen runsas määrä lisää vasta-ainetestienkin luotettavuutta, jos molemmat testausmenetelmät kertovat samaa taudin esiintyvyydestä?
    Ja ne oireettomat tartuttajat, eikö heidän löytämisensä olisi aivan oleellista?

    1. Näin on tosiaan ajateltu. Nyt kuitenkin tämä on osoittatunut epätodennäköiseksi.

      Jos esim Suomessa on vain 2000 havaittua tartuntaa ja oletetaan vaikka, että oireettomasti sairastuneita olisi 20-kertainen määrä, saamme taudin sairastaneiden määräksi 0,7% väestöstä. (Tämä varmaan on aika reilu arvio sillä oireettomien määrän on arvioitu olevan 10-80% sairastuneista.) Jos käytän tuota mainitsemaasi 60 000 sairastunutta, se on 1,1% väestöstä.

      Islanissa vasta-aineiden perusteella oli luku alle 1%

      Lopullisen tiedon saa nyt kun saamme tietoa Suomalaisten vasta-aineista.

  12. Onko nämä nimeetyt testi ns. pikatestejä? Antavatko ne kvantitatiivisia vasta-ainearvoja? Onko olemassa sensitiivisyydestään parempia testejä?

    1. Sensitiivisyys ei ole tässä arviossa ongelma vaan spesifisyys. Nyt laskelmat perustuivat 95% spesifisyyteen, mikä ei noin yleisesti ole huono.

      Vasta-aineiden kvantitaatio voi parantaa luotettavuutta sillä jos vaikka vaaditaan korkeampia tiitteriarvoja positiiviselle testille, voidaan päästä parempiin spesifisyysarvoihin. Nythän 5% esiintyvyydelläkin vaadiattaisiin 99,4% spesifisyyttä, jotta positiivisista olisi yli 90% immuuneja. 1% esiintyvyydellä spesifisyyden tulisi olla lähes 100%.

      Tilanne korjaantuu ajan kanssa kun tauti yleistyy. Jo nyt voidaan ennakkotodennäköisyyttä nostaa valikoimalla testattava ryhmä korkeamman todennäköisyyden ryhmäksi.

  13. Käsitänkö nyt jotain väärin? Eikö positiivinen ennustearvo ole riippumato spesifisyydestä. Jos s on sensitiivisyys ja p prevalenssi, niin eikö positiivinen ennustearvo ole s*p/(s*p+(1-s)*(1-p))?

    1. PPV = oikeiden positiivisten tulosten määrä jaettuna oikeiden positiivisten ja väärien positiivisten summalla.
      Voit leikkiä taulukossa esitetyillä luvuilla muuttamalla prevalenssia ja katsoa mitä PPV:lle tapahtuu (pidä sensitiivisyys ja spesifisyys vakioina)
      PPV riippuu prevalenssista.

      Kun testin spesifisyys on korkeampi, saat vähemmän vääriä positiivisia (joka on tuossa PPV:n kaavassa)

  14. Ja vaarallista testissä on, jos se ilmoittaa potilaan olevan seropositiivinen vaikkä tämä ei ole.

  15. Vähän off topic mutta onkohan Suomessa verraten yleisen HLAB27+ geenimutaation roolia mietitty. Sehän antaa joko täyden suojan tai ainakin selvästi suojaa HI-virukselta, Herpes-virukselta ja influenssa-viruksilta. Siitä on kosolti tutkimuksia. Olisi kiva jos suojaisi myös SARS-CoV-2-pöpöltä.

    1. Hyvä kysymys. En tiedä. Varmaan tuotakin kyllä nyt tutkitaan, kun geenimuutoksia muutoinkin selvitetään.

  16. Aah, nyt oli minulta ajatusvirhe positiivinen ennustearvo on. s*p/(s*p+(1-p)*(1-sf))

  17. Pitäisi siis valita vasta-ainetesteihin ensisijaisesti ne, joilla oli sairauden oireet, mutta jotka jäivät silloin testaamatta, sekä ne, jotka ovat todennäköisesti osa jotain tartuntaketjua.
    – Sairastuneet ja heidän läheiset
    – Ulkomailta tulleet ja heidän läheiset, ystävät ja muut joita tapasi.
    – Sairastuneen raportoimat muut kontaktit, oppilaitokset, julkiset paikat missä kävi, paikkasovellus
    Noista läheisistä voi löytyä myös niitä oireettomia tartuttajia.

    Mihin THL pyrkii tekemällä vasta-ainetestejä satunnaisotannalla? Mihin kysymykseen he etsivät vastausta?

    1. He halauavat tietää kuinka moni on sairastanut eli mikä on tuo prevalenssi nyt.

      Tähän nuo testit kyllä käyvät. Esim jos testaamalla saadaan tietää, että 2% on positiiviisia, tällöin voimme päätellä, että todellinen luku on jossain 0,5-3%. Tällöin tiedämme, että se ei ole esim 10% tai vaikkapa 30%. Tuohon tarkkuus riittää hyvin.

      Se ei vain vielä riitä yksilötasolla. En usko, että ulkomailta tulo riittää, jos ei ole ollut kontakteja sairastuneisiin taikka oireita.

      1. Olen sairastanut Covid-19 Maaliskuu 6-15.2020
        Haluaisin vasta aine testin voinko sen viela saada ?
        Miten paasen THL vasta aine tutkimuksiin veriryhma on 0+

      2. Jos olet sairastanut taudin ja sen diagnoosi perustuu virusnäytteeseen, ei vasta-ainetesti anna sinulle itsellesi mitään lisätietoa.

  18. Onko muuten tietoa mikä heikentää spesifisyyttä? Eikä ainakin IgG-luokan vasta-aineet pitäisi olla hyvin spesifejä? Onko ristireaktiota muihin koronaviruksiin?

  19. Palaan vielä prevalenssiin. Jos satunnaistetusta isohkosta joukosta saadaan PPV=x ja kun tunnetaan testi sensitiivisyys ja spesifisyys, niin todellinen prevalenssi voidaan laskea PPV:n kaavasta. Eli testaus kyllä kertoo prevalenssita suht. hyvin. Yksilötason testaukseen ei käy, kuten totesitkin.

  20. Mielenkiintoista spekulaatiota vasta-ainetesteistä, mutta en tiedä missä määrin Juhani on oikeasti perehtynyt asiaan. Esim. jos henkilö uskoo sairastaneensa koronan jo kuukausia sitten ja vasta-ainetestissä sekä IgM että IgG ovat molemmat edelleen positiivisia, voi helposti päätellä että testitulos on todennäköisesti väärä, koska vain IgG:n pitäisi enää olla positiivinen.

    En itsekään ole tämän alan asiantuntija.

    1. Olen tehnyt työkseni diagnostiikkaa 30 vuotta, mutta en ole vasta-ainetestien erityisasiantuntija. Tämä kirjoitus oli vain ns. yleistä asiaa, joka on diagnostiikassa täysin universaalia.

      Kaikissa testeissä on epätarkkuuksia, myös vasta-ainetesteissä. Tämän vuoksi samat universaalit lainalaisuudet pätevät myös niissä.

      Näiden ongelmien kiertämiseen on kuitenkin olemassa ratkaisuja. Kahden tai useamman testin käyttäminen, kvantitatiivisessa vasta-ainemittauksessa käytetään korkeampaa tiitterirajaa, jne. Näillä saadaan spesifisyys nostettua paremmaksi, jolloin voidaan nostaa positiivisen tuloksen ennustearvoa. Samalla vääjäämättä testin herkkyys laskee, jolloin monet niistä, jotka ovat immuuneja määritetäänkin testin perusteella ei-immuuneiksi. Kyseessä on keinulautailmiö, jota ei voida välttää.

      Ennen kuin tauti on yleisempi väestössä meillä on testauksessa haasteita.

  21. Onko taulukossa 99,4 % specifisyyskohdassa sairastuneiden kohdalla virhe? Pitäiskö olla positiivisia 497 ja negatiivisia 3. Nyt on samat lukemat kuin 90 % specifisyyden kohdalla, 495 positiivisia ja 5 negatiivisia.

    1. Ei pitäisi olla. Spesifisyys = oikeiden negatiivisten määrä jaettuna oikeiden negatiivisten ja väärien positiivisten summalla.

      9445 /(9445+55) = 0,994

      Vai laskinko jotain väärin?

      1. Oikein on, itsellä meni herkkyys ja spesifisyys sekaisin. Mielenkiintoinen artikkeli.

  22. Hyvä kirjoitus, mutta jos puhutaan ELISAsta eikä mistään pikatestista, niin spesifisyys saadaan korkeaksi toistamalla testi ja käyttämällä tarpeeksi korkeaa cut-off:a. Silloin siis poimitaan ”varmat” positiiviset ja väärät negatiiviset lisääntyvät. Vääriksi positiivisiksi jäävät vain seerumit, joiden IgM/IgG-pooli sisältää vahvasti ristireagoivia vasta-aineita.
    Jos käytetään jotain point-of-care-pikatestia, niin varmennus yo. tapaan. Immuniteetin hankkineiden löytäminen niin tärkeää, että varmistustyö kannattaa tehdä.

    1. Juuri näin, kuten toisessa kommentissa myös totesin. Tekemällä toinen testi saadaan PPV parannettua. Myös kvantitatiivisessa määrityksessä kiristämällä positiivisen tulkinnan rajaa, saadaan PPV nostettua. Samalla sitten testin herkkyys kärsii, eli moni niistä, jotka ovat immuuneja, tulkitaan ei-immuuneiksi.

      Keinulautatilanteessa pitää vaina miettiä mitä testauksella halutaan. Suuri herkkyys vai suuri tarkkkuus, kumpaakin ei saa samanaikaisesti. Nyt immunien vapauttamisessa olennaista on suuri tarkkuus, jolloin positiivisen tuloksen perusteella voisi henkilön luotettavasti todeta olevan immuuni.

  23. Mielenkiintoinen kirjoitus.

    Mutta jos blogistin tilastomatematiikka on kohdallaan, ihmettelen suuresti, miksi 7.4. iltapäivällä THL:n johtava asiantuntija Jussi Sane, esitellessään THL:n juuri käynnistyvää kansallists vasta-aine testausohjelmaa, ei maininnut blogistin esittämää ”false positive” -haastetta lainkaan.

    ”False positive” -asiaa ei myöskään maininnut edes puolella sanalla samassa ohjelmassa haastateltu Synlab-laboratorion toimitusjohtaja Aarne Aktan.

    Mistä on oikein kyse? Blogistin mukaan vasta-ainetestaus tässä vaiheessa, väestön vähäisellä infektoituneiden suhteellisella osuudella on turhaa ”false positive” -ongelman takia, kuitenkin kovan luokan muut asiantuntijat eivät katso tarpeelliseksi edes mainita tätä dilemmaa.

    On vaikea uskoa, että THL käynnistäisi kalliin vasta-aineiden massakartoituksen tietäen sen tulokset roskaksi, vain rauhoitellakseen testejä vaativia.

    1. Kysymys on väestön tartunatilanteen selvittämisestä. Minä käsittelin yksilön testaustulosta. Olen nyt päivittänyt kirjoitustani myös väestötestauksen osalta.

      1. Kiitos – 8.4. ja 9.4. lisäyksesi paransivat selvästi blogin relevanssia tilanteessa, jossa kansallinen ohjelma käynnistetään.

        Silti kummeksun vielä sitä, että yksityiset kaupalliset vasta-ainetestejä myyvät toimijat eivät ole tuoneet karua realismia ”tarkkuus 50 %” markkinoinnissaan esille. Hehän palvelevat tässä nimenomaan yksilötason testaajina.

        Toisaalta maallikko ihmettelee sitä, että herkkyys-tarkkuus -keinulaudan dilemmaa ei ole vasta-ainetestauksessa saatu ratkaistua, edes rahalla ei saisi parempaa laatua testille.

      2. Tuo keinulaudan dilemma on universaali ilmiö ja pätee kaikkeen diagnostiikkaan, jonka luotettavuus on alle 100%.
        Luonnossa on vain biologista vaihtelua esim vasta-aineiden määrissä ja myös testin kyvyssä mitata vasta-aineet, jolloin jäädään väkisin alle 100%.

  24. Saksa tekee laajaa satunnaisotokseen perustuvaa COVID-19 vasta-ainetestausta, jotta saadaan oikea kuva infektioiden määrästä koko väestössä. Samoin Islanti aloittaa tämän ASAP. Tämän minulle kertoi epidemiologikollega Haraldur Briem. Näin tehdään, jotta voidaan luotettavasti arvioida SARS-CoV-2 tappavuutta ja sen kansanterveysimpaktia. Suurköpiksen alueella verenluovuttajista 27/1000 oli 3.-4.4. SARS-CoV-2 vasta-ainepositiivisia. Laskin oletuksella, että 80 % kuolemista Suurköpiksessä ja tietäen siellä olevan 2 miljoonaa ihmistä SARS-CoV-2 infektion tappavuudeksi 0,24 %. Tämä on tietenkin toistaiseksi vain suuntaa antava arvio. Kunhan Saksan ja Islannin väestöserologia valmistuu, kykenemme arvioimaan, paljonko COVID-19 poikkeaa kausi-influenssan impaktista. Toistaiseksi dramaattisista uutiskuvista huolimatta impakti on pieni. Saksan 1500 kuolemaa kalpenee toistaiseksi heidän edelliselle kausi-influenssalle, jolloin influenssaan kuoli 25000 Robert Koch instituutin mukaan. COVID-19 tauti runtelee sellaisia yhteisöjä, joissa on suuri ylisukupolvisten kontaktien määrä, kuten nyt Tukholman Rinkebyssä. Siellä voi nyt tulla Ruotsin valtioepidemiologin Anders Tegnellin outojen laumaimmuniteettiajatusten vuoksi rumaa jälkeä. Valitettavasti nämä ajatukset otettiin Suomessa tosissaan, vaikka strategia on myös taloudelle tuhoisa. https://suomenkuvalehti.fi/jutut/kotimaa/mielipide-kotimaa/viisi-tutkijaa-vaatii-koronaepidemia-pitaa-tukahduttaa-suomessa-nyt-aasia-johtaa-torjuntataistelussa-eurooppaa-6-0/?shared=1121508-bb00c77b-999

    1. Mikä on Tanskassa käytettävän testin tarkkuus? Jos se on luokkaa 95,6 %, niin tuo Tanskan tulos on täyttä kohinaa. Hesarin mukaan toki THL:n testi on 100 % tarkka, tosin siinä kai positiiviset näytteet tutkitaan soluviljelmän avulla.

      1. Mikään testi ei 100% tarkka. Kun tarkkuutta pyritään parantamaan, vääjäämättä hävitään testin herkyydessä.

      2. Oikea 100 % tarkkuus on tietysti täysin Suomi-ilmiö, sehän nyt on selvä. Ilmeisesti THL ei uskalla julkaista tarkkuutta kuin yhden merkitsevän numeron tarkkuudella, eli se on jotain välillä 95–100 %.

  25. Kysymys kai on lähinnä siitä onko laajamittaisella vasta-ainetestauksessa mitään järkeä tässä tilanteessa.
    Jos vaikkapa testataan miljoona ihmistä niin hyvällä onnella saadaan poimituksi 10 000 oikeasti immuunia ja 50 000 väärää. Näistäkään ei tiedetä mikä on mitäkin. Tietysti voidaan tehdä toinen testi, mutta vieläkään ei saada täyttä varmuutta. Lopuista 940 000 testistä ei sitten saatane mitään irti. Kun uusintatestit lasketaan, on siis tehty 990 000 turhaa testiä.

    Ja sitten noista 10 000 immuunista lienee vain häviävän pieni osa sellaisia, jotka toimivat mitenkään kriittisissä asemissa. Joten mitä me tälläkään tiedolla teemme? Jos testataan vain kriittisiissä asemissa toimivat, niin lopputulos on sama, mutta ainakin säästetään ehkä 950 000 testiä, jotka voidaan käyttää, kun jotain tulosta on odotettavissa.

    Jotenkin tuntuu, että tätä runsasta testausta vaativat, erityisesti yksityiset toimijat ovat vain haistaneet haaskan.

  26. Onko sillä kuitenkaan suurta väliä jos ~50% positiivisista onkin vääriä positiivisia rajoituksista vapauttamisen suhteen, erityisesti jos tämä ryhmä olisi perusterveitä sanotaan 0-50v jolloin riski on pieni muutoinkin.

    Jos ja kun (ainakin Norjassa näyttää lupaavalta 0,7 R:llä) muilla toimilla on saatu R lukua painettua tarpeeksi alas, 50% immuniteetti rajoituksista vapailla riittäisi leviämisen pysymiseen kontrollissa, eikö?

    1. Joka toinen vapautettu luulee olevansa turvassa mutta ei ole. Se on sinusta ok?

      1. Tottakai heille kerrotaan, että 50% mahis olla oikeasti immuniteetti. Saavat sitten itse päättää miten riskin kanssa elävät. En näe ongelmaa.

        Toki sitten voi debatoida onko tuollakaan tavalla ”vapautettujen” määrä mitenkään merkityksellinen taikka hyödyllinen, jos tartunnat jokatapauksessa saadaan pysymään (miltä näyttää) lopulta pienenä määränä.

      2. Tauti,Korona:Ei kait tämä voi ihan olla ennuste tai luulemistilastoa.Pelon ilmapiiri lisääntyy ja tietämättömyys tässä heijastuu vahvasti.Mihinkä nyt sitten tukeudutaan.Eihän tämä ole ainut paha virus,eikä bakteerikaan,loinenko,niitä voi olla samassa paikassa useita yhtäaikaisesti.Kaikkialla.EIKÖHÄN TÄMÄ SELVIÄ,KUN ROKOTE SAADAAN MARKKINOILLE.Kiitos tiedoista.Vaikea tehtävä.

  27. Juhani hyvä, toivoisin että tarkistaisit vielä PPV:n ja testin virhepositiivisuuden erot tekstiisi. Esimerkissäsi 55% PPV tarkoittaa, että positiivisen testituloksen saaneella on 55% todennäköisyydellä tauti (ja joka riippuu prevalenssista). Se on eri asia kuin testituloksen virhepositiivisuuden todennäköisyys. Se ei tarkoita,cettä testitulos on 45% todennäköisyydellä virheellinen. Jos esimerkissä testin tarkkuus eli spesifisyys on 90%, on 10% todennäköisyys, että testi – missä tahansa prevalenssitilanteessa – on virhepositiivinen. Tämä säilyy samana prevalenssitilanteesta huolimatta (eli vaikka saisi 95% PPV:n, testin virhepositiivisuuden todennäköisyys 90% spesifisellä testillä on silti se 10%). Yritän sanoa toisin: on eri asia sanoa, että millä todennäköisyydellä elefantti tulee testissä tiikeriksi (eli on virhepositiivinen) kuin sanoa millä todennäköisyydellä tiikeriksi testattu on tiikeri (PPV, pos ennustearvo). Ole hyvä ja konsultoi vaikka statistikkoa tästä. Olen infektioepidemiologi, joten sieluuni hieman sattuu, että sekoitetaan tämä asiat. Viittaamassasi käyrässä termit olivat oikein. Muuten hyviä tekstejä.

  28. Onko tiedossa, että mikä on vasta-aineiden esiintyvyys normaaliväestössä? Eli onko koronaan liittyviä vasta-ainetestejä kokeiltu tehdä isolle satunnaistetulle joukolle ihmisiä jossakin, missä koronaa ei varmuudella ole vielä esiintynyt, ja katsottu, mikä on ulos? Ainakin joidenkin muiden tautien kohdalla väestössä voi ilmeisesti olla normaalistikin jokin osuus yksilöitä, joilla testit saattavat tunnistaa vastaavia vasta-aineita kuin mitä liittyy johonkin tautiin, vaikka nämä eivät olisi kyseistä tautia edes sairastaneet, ja kiinnostaisi siksi tietää, että voiko koronan vasta-ainetestin vasta-aineet saada vain koronan sairastamalla, vai onko niitä mahdollista olla joillain yksilöillä jostain muustakin syystä.

    1. Ei tiedetä. Hyvä huomata, että kun testataan saadaan matalia arvoja myös niiltä, joilla ei ole tautia ollut, johtuen testin rajoitteista.

      1. Jossain kohtaa puhuttiin IGG-VASTA-AINEISTA ja IGM-VASTA-AINEISTA,MUTTA VOISITKO KERTOA,MIKSEI IGE-VASTA-AINEISTA,JOKA SAATTAISI OLLA TÄSSÄ KOHDEN HYVÄ MAINITA.ONKO LIIKESALAISUUS.SITTEN VIELÄ JOKAISEN HENKILÖKOHTAINEN PUOLUSTUSKYKY YLEISESTI.MAHDOTON TESTATA:KALLISTA,MITEN KULLAKIN HENKILÖLLÄ:T-SOLUT JA B-SOLUT PELITTÄÄ KESKESKENÄÄN.LÄÄKÄRIT MATKUSTAVAT PALJON JA TUTKIJAT TUTKIVAT PALJON JA KERROTAAN,ETTÄ ON PAHEHMPI VIRUS,EHKÄ TROOPPISIIN INFEKTIOIHIN LIITTYVÄ,JOHON ON MALARIALÄÄKE,JOTA EI VOI KÄYTTÄÄ ESIM.ASTMALÄÄKKEEN KANSSA.KUOLEMIA NOIN YLEISESTI OTTAEN EI AIEMMIN OLE KERROTTU TÄSSÄ MITTAKAAVASSA,NIIN KYSYNKIN NYT,ETTÄ MIHIN TÄLLÄ SITTEN OIKEIN TÄHDÄTÄÄN.KUN KERROTAAN,ETTÄ ROKOTEKIN VOIDAAN SAADA ÄKKIÄ MARKKINOILLE JA LÄÄKETTÄKIN OLISI JO:HYDROKLOROKIINI,LUONOLLISESTI IHMISET,JOTKA EIVÄT OLE ALALLA TYÖSSÄ,ALKAVAT PELÄTÄ JA SUOJAVARUSTEHANKINNAT,KUN EI TIETO MASKEISTA KULJE :MINKÄLAINEN SE PAHAN INFEKTION KOHDALLA PITÄISI OLLA.SÄÄSTETÄÄNKÖ PIENEMMÄN ,KÖYHEMMÄN KANSAN KUSTANNUKSELLA.TIETÄJIÄ ON PALJON,MUTTA ”VILLOJA VÄHÄN”MIKÄ ON TAVOITE?MASKEISTA TIEDÄN,MIKÄ ON PARAS,MUTTA EI OLE SAATAVANA.EN VIITSI LAITTAA TÄHÄN.ODOTAN ,ETTÄ KERROT SEN ITSE.KULKUTAUTEJA ON AINA OLLUT PAHEMPIA JA HOIDETTAVIA.HISTORIA KERTOO.OLLETEN TÄTÄ EI OLE SITTEN VOINUT TUTKIA ENNEN KUINEI OLE TIETOA VIRUKSESTA.BAKTEEREIHIN YLEENSÄ AUTTAA ANTIBIOOTTI JA VIRUUKSIIN EI,MUTTA SEKIN ON JOSKUS KOKEILEMISESN KAUTTA.TÄHÄN ON TULTU JNE…….LOISTAUTEIHINHAN TÄTMÄ VIITTAISI.ZONOOSIT.EN JAKSA ENEMPÄÄ TÄTÄ VEHTATA:KERROPPA OMA NÄKEMYKSESI MUISTA KUIN TILASTOTIEDOISTA,SIIS LÄÄKÄRINÄ.KIITOS ODOTAN VASTAUSTASI.

      2. IgM kertoo tuporeesta tartunnasta, IgG myös aikaisemmin saadusta tartunnasta.

  29. ”Tämän parantuneen herkkyyden hintana on, että testauksen herkkyys huononee merkittävästi. ”

    Pitäisikö tässä lukea ”parantuneen tarkkuuden”?

  30. Voiko näitä testejä tehdä siten että laitetaan esim 100 ihmisen näyte yhteen testiin ja jos tulos on negatiivinen niin 100 ihmistä on puhtaita. Jos tulos on positiivinen niin testataan kaikki erikseen jotta saadaan selville kuka/ketkä on positiivisia. Näin saataisiin seulottua suuria määriä. Näytteen otto esim. vaalipiireittäin äänestyspaikoilla.

    1. Mielenkiintoinen ajatus. Mutta jos mukana yksi positiivinen, joudutaan testi toistamaan kaikille sadalla uudelleen.

      1. Kyllä mutta jos tehdään 10 sadan kappaleen testiä niin saadaan testattua 1000 henkilöä. Jos yhdessä kymmenestä testistä on positiivinen tulos ja kaikki 100 testataan erikseen on tehty lopulta 110 testiä ja seulottu 1000 näytettä sen sijaan että oltaisiin tehty 1000 testiä erikseen. Kustannussäästö on merkittävä.

      2. Näytteiden analysointi joudutaan toistamaan mutta näytteenottoa välttämättä ei jos sama näyte voidaan jakaa useampaan analysoitavaan erään. Ehkä labrat jo toimivat tällä periaatteella siltä osin kuin se on mahdollista. Usein ammattilaiset ovat jo aikoja aiemmin keksineet kaikki ideat mitä amatööreille voi mieleen juolahtaa.

  31. Nyt on mielenkiintoista. Meidän perhe (2x aikuista ja lapsi 1v2kk). Molemmilla aikuisilla ollut koronan oireet (kova pääkipu, kuume yli 39, keuhko-oireet, sekä haju- ja makuaistin menetykset). Lapsella kuume 3 päivää. Oireet alkoivat 12.3.2020 minulla ja lapsella, sekä vaimolla 14.3.2020. Emme päässeet koronatesteihin (nielu), koska emme kuuluneet riskiryhmään jne. Yhteys ”Koronahäihin” oli olemassa. Olemme siis kaikki olleet karanteenissa viimeisen kuukauden samassa asunnossa.

    Tänään käytiin Mehiläisen korona vasta-aine testeissä. Minulle ja lapselle negatiivinen ja vaimolle positiivinen tulos. Päätettiin ottaa kuitenkin molemmille aikuisille verikokoe.

    Oireiden perusteella en usko, että pikatesti poimii edes kaikkia positiivisia.

    1. Pikatestin herkkyys vaihtelee myös. Joissakin on raportoitu korkeita herkkyyslukuja, toisissa on ollut ongelmia.

    2. Tästä Hannu Valkosen tapauksesta olisi ollut mukava kuulla miten tarkemmissa laboratoriotutkimuksissa sitten kävi.

      Luottamukseni tuohon Mehiläisen pikatestiin ei jäänyt kovin korkeaksi edes herkkyyden osalta. Tottakai perusterve nelikymppinen voi ihan puskistakin sairastaa yskän ja keuhkokuumeen oireet, onhan se mahdollista. Noita muita hengitystieinfektioita on vaan aika vähän enää liikkeellä.

  32. Mietin, voisiko verta ja plasmaa, joka luovutettu ennen koronan ilmaantumista, hyödyntää vasta-aine testeissä negatiivisiin ja varmoja korona tartuntoja positiivisiin, jolloin saataisiin vahvempi ero positiivisten ja negatiivisten välillä ja nostaisi silloin testin luotettavuutta? Ajatus vain. Puolisoni kanssa riskiryhmässä ja minä sairastuin kovaan kuumeeseen ja ripuliin, kauheine lihaskipuineen, päänsärky, makuaistin menetys. Sitten alkoi nuha, kuiva yskä, oireet toisessa keuhkossa, aivan erilainen tunne kun olisi keuhkoputkentulehdus. Ei otettu testeihin, koska silloin ei ripulia laskettu oireisiin, epäiltiin salmonellaa. Nyt toipumassa, mutta valtavan hidasta on. Puolisolla samanlaisia oireita ilman ripulia ja kuumetta. Aika vahva epäilys, että sairastimme koronan, mutta jos vasta-ainetesti ei luotettava, kannattaako meidän mennä siihen?

    1. Juuri noin testin tarkkuutta testataa, otetaan vertailuun näyte, jossa tiedetään, ettei ole ollut koronaa. Oirekuvan perusteella teillä ollut selvästi suurempi todennäköisyys siihen, että olette sairastaneet koronan. Ei kuitenkaan varma, sillä oireisten testeistä vain noin 10% ollut koronapositiivisia.
      Teillä kuitenkin vasta-ainetesti on jkv luotettavampi kuin kansassa keskimäärin. Negatiivinen tulos olisi kyllä luotettava mutta positiiviisista tuloksista silti suuri osa olisi vääriä positiivisia.

      1. Miksi negatiivisen testin tulos olisi luotettava? Valkosen tapaukseen (jossa suurella todennäköisyydellä saatu väärä negatiivinen) kommentoit että pikatestin herkkyys vaihtelee, eikä kuten aiemmin todettu ole 100%. Eikö silloin vääriä negatiivisiakin tule?

      2. Kun taudin esiintyvyys on pieni, on negatiivisen tuloksen ennustearvo pieni. Kuvittele tilanne, jossa on vain 0,0001% positiiviisia. Vasta-aineen negatiivinen testitulos on luotettava. Testin herkkyys kyllä riittää siihen.

  33. Kannattaisi kysyä apua ilmastotiedemiehiltä. Heillä on metodit laskea jos löydetään muutamia varmoja tartuntoja. He kykenevät laskemaan interpolointimenetelmällä kaikki Suomen tartunnat.

  34. Yhtä asiaa en tajua. Jos Suomessa olisi paljon oireettomia tartuttajia, joiden takia tiukat eristystoimet on tehty, miksi tämä ei näy sairastuvuudessa?
    Suomessa tartuntojen määrä on pysynyt pienissä luvuissa ja varsinaisia hoitoon johtavia sairastapauksia on verraten vähän. Nopeaa kasvua ei ole nähty, vaikka eristystä on jatkunut jo viikkoja.

    Ovatko nämä oireettomat tartuttajat sittenkään niin suuressa roolissa kuin on oletettu? Keitä he ylipäätään ovat? Henkilöitä, jotka ovat sairauden alkuvaiheessa ja sairastuvat myöhemmin, vai niitä jotka eivät lainkaan sairastu?

    1. Kontaktien rajaaminen vaikuttaa myös oireettomiin. Suomessa rajoitustoimet aloitettiin suhteessa epidemian vaiheeseen aikaisemmin kuin muualla, jonka vuoksi ensimmäinen aalto on matala. Jos oireettomat eivät tartuttaisi, olisi epidemia mahdollista saada rajattua ja pysäytettyä.

  35. Ehkä tuolla jo aikaisemmin sivuttiin tätä, mutta onko tämä mahdollinen lähetyminen? Jos ensin ajetaan jokin pikatesti, jossa hyväksytään että on paljon FP, mutta mahdollisimman vähän FN. Sitten otetaan kaikki positiiviset (TP +FP) ja ajetaan toisen valmistajan testillä – nythän prevalenssin pitäisi olla suurempi. Vai eikö tuo ensimmäinen vaihe toimi – tuleeko niin paljon FP?

  36. Ansiokas ja hyvä kirjoitus kaikin puolin joukkoa koskevan tarkastelun osalta, mutta yksilön kohdalla asia esitetään hieman epätarkasti. Kirjoitat:

    ”Toisin sanoen, kun henkilö on saanut vasta-ainetestistä positiivisen tuloksen eli hän olisi testin mukaan sairastanut koronainfektion, tulos on todennäköisemmin väärä kuin oikea.”

    Tämä ei tälläisenään pidä yksittäisen testin kohdalla paikkaansa. Mikäli testin tarkkuus ja herkkyys ovat 95 %, niin yksittäisen henkilön tulos on silloin 95 prosentin todennäköisyydellä oikein.

    Viitattuun yksilön näkökulmasta todella epävarmaan lopputulokseen päästään ainoastaan mikäli erotetaan positiivisen tuloksen saaneet omaksi 5 %:n joukokseen ja katsotaan tulosten suhteellista oikeellisuutta heidän kesken. Silloin on aivan totta, että voidaan saada/saadaan enemmän vääriä kuin oikeita positiivisia. Tätäkin virhettä voidaan toki parantaa toistamalla testi kaikille positiivisen tuloksen saaneille. Koko 100 %:n joukossa on kuitenkin fakta (luotamme tässä testin valmistajan ilmoittamaan), että kaikista tuloksista 95 % on oikein riippumatta siitä onko testillä saatu tulos negatiivinen vai positiivinen. Myöskään todellisten positiivisten suhteellisella osuudella ei ole tähän vaikutusta.

    Tämä ei poista sitä aivan oikein esille nostettua tosiasiaa, että joukon osalta väärät positiiviset tulokset ovat ongelma yhteiskunnan kannalta. Virheellisen positiivisen tuloksen saaneet voivat toimia suurena vaarana muulle yhteisölle. Jos esimerkiksi 10 000 henkilöä kertatestauttaa itsensä tilanteessa, jossa taudin levinneisyys populaatiossa on mainitun 1%, syntyy heistä satoja virheellisen suojakäsityksen omaavia yksilöitä. Pelkästään joukosta irrotetun yksilön kannalta tarkasteltuna testi kuitenkin antaa suht hyvän varmuuden. Tätä voidaan lisäksi hyvillä mittakäytännöillä parantaa (=tarvittava määrä toistoja).

    1. Tässä tilanteessa meidän tulee puhua positiivisen tuloksen ennustearvosta (PPV).
      Vaikka herkkyys ja tarkkuus olisivat 95%, positiivisen tuloksen ennustearvo voi olla 0-100% haarukassa riippuen siitä mikä on taudin esiintyvyys väestössä. Tässä on nimenomaan kysymys tästä positiivisen tuloksen ennustearvosta eli siitä, kuinka moni positiivisen tuloksen saaneista on oikeasti positiivisia ja kuinka moni on väärä positiivinen. Tämä PPV arvo näkyy tuosta käyrästä, joka on kirjoituksessa. Jos tautia on vähän, esim 1% tai 5%, positiivisen tuloksen ennustearvo on aina matala vaikka herkkyys ja tarkkuus olisivat 95%.

      1. Hei,

        Olen siis kanssasi tuossa asiassa aivan samaa mieltä, vaikka eri ilmaisua käytämmekin.

        Sinä:
        ”Tässä on nimenomaan kysymys tästä positiivisen tuloksen ennustearvosta eli siitä, kuinka moni positiivisen tuloksen saaneista on oikeasti positiivisia ja kuinka moni on väärä positiivinen”

        Itse taas ilmaisin täysin samasta positiivisten tulosten ennustearvosta seuraavasti:
        ”Silloin on aivan totta, että voidaan saada/saadaan enemmän vääriä kuin oikeita positiivisia.”

        Olen siis 100 % tuossa yhtä mieltä. En kuitenkaan alkuperäisellä viestilläni hakenut aivan tätä kulmaa, vaan sitä, miten yksi testi osuu kohdilleen nimenomaan yksilölle.

        Yritän olla selkeämpi. Muutan yksinkertaistaen tuon 100 % joukon sadaksi ihmiseksi, joista yksi on sairastunut ja testaamme heidät kaikki. Lienee silloin tosi, että on vain 5 % prosentin todennäköisyys, ettei myös tätä yhtä sairastunutta todeta positiiviksesi (=hänen henkilökohtainen mittatuloksensa)? Toki samalla todetaan myös neljä väärää positiivista (=ennustearvo 1 TP & 4 FP). Huono ennustearvo ei kuitenkaan muuta sitä, että löydämme oikein tämän yhden sairastuneen ja silloin hänen henkilökohtaisen tuloksensa varmuus on 95 %. Heti kun muutamme yksilön joukoksi, olemme täysin siinä mitä sanot ja sitenhän tulokset toki yleensä tutkimusdatassa ilmoitetaan. Kuten myös sanottua, rinnakkaisilla testeillä ja toistoilla saisi tuloksia tarkemmaksi sekä yksilölle että joukolle.

      2. Pohditaan lisää. Emme tiedä kuka se yksi oikea positiivinen on. Nyt saamme 5 positiivista jotka luulevat olevansa positiivisia. Todellisuudesta heistä vain 1 on joten 80% saaduista tuloksista on virheellisiä positiivisia. Yksilön tasolla emme tiedä kuika se noista viidestä on. Tämä johtaa käytännössä siihen, että tuo testi ei kykene kertomaan olenko turvassa vai en, kun saan positiivisen tuloksen sillä virheen riski on suuri.

  37. Onko mahdollista että lievän taudin sairastanut kehittää vähemmän vasta-aineita ja näin ollen saa pikatestistä negatiivisen tuloksen. Eli miten selitetään saman perheen tulokset yllä. Yhdellä vasta-aineita, mutta kahdella muulla oireisella tulos on negatiivinen. Itse sairastin kolme viikkoa lieväoireisena, mutta selvästi kipeänä ja oireet kuten kiinalaiset on lievempi oireisilla todenneet olevan, mutta vasta-aine pikatesti negatiivinen. Miten todennäköistä on saada negatiivinen tulos vaikka olisi sairastanut vai onko todella ollut jokin muu tauti päällä kolmen viikon ajan. Miehelläni samat oireet, mutta lievempiä. Häntä ei vielä testattu.

    1. Yleensä negatiivinen vasta-ainetesti on aika luotettava kun tautia on näin vähän. Mikään ei ole 100%
      Hyvä muistaa, että samantapaisia oireita on monessa muussa sairaudessa. Esimerkiksi kun on otettu oireisilta virusnäyte, vain alle 10% on ollut positiivinen koronanäyte.

  38. Laitan vielä tämän yhden kommentin.

    Olemme asiasta ja riskeistä yhtä mieltä. Nämä neljä mainittua väärää positiivista ovat ehdottomasti riski. Lainaan itseäni:

    ”Tämä ei poista sitä aivan oikein esille nostettua tosiasiaa, että joukon osalta väärät positiiviset tulokset ovat ongelma yhteiskunnan kannalta. Virheellisen positiivisen tuloksen saaneet voivat toimia suurena vaarana muulle yhteisölle”

    Katsontakannassamme näkyy se ero, että itse olen erilaisten testien kanssa tekemisissä lähinnä siinä vaiheessa, kun niitä kehitetään, sekä tilanteissa, joissa oletusarvoa ei vielä ole tai se on epävarma. Nythän olemme vähän niin kuin koko maailma tässä tilanteessa. Sinä taas (huom. oletettavasti) siinä kohtaa, kun ne ovat jo kliinisessä käytössä. Oma kulmani on katsottu enemmän testin itsensä kautta ja sinun taas siitä saatavan statistiikan. Statistiikan, joka normaalisti otetaan huomioon tuloksen oikeellisuutta tarkastellessa. Molemmat kulmat ovat yhtä lailla oikeita. Lainaan lauseen tänään lukemastani samaa aihetta käsittelevästä artikkelista liittyen testien epävarmuuteen:

    ”This is a result of statistics, rather than the technology of any given test”
    Dr. H. Gilbert Welch, Brigham and Women’s Hospital in Boston

    Loppuun omia ajatuksiani. Kun tietoa positiivisesta oletusarvosta ei ole, tulisi testit tässä vaiheessa tehdä siten, että niiden antama sisäinen virhe saataisiin minimoitua (jo mainitut toistot jne.). Huolella toteutetuilla testeillä voitaisiin sitten saada tarkempaa tietoa itse oletusarvoista. Tätä kait THL nyt yrittää tehdä. Toivottavasti käyttävät muuten hyviä testejä. Tällä hetkellä esim. FDA-hyväksyntä ei kerro juuri mitään itse testin sisäisestä toimivuudesta.

  39. THL:n Uudenmaassa toteutettavista vasta-ainetesteistä on tähän mennessä kerrottu tietääkseni tuloksista vain 5 todennettua positiivista 147:stä tutkitusta.

    Voiko tätä tulkita niin, että tilastoitujen sairastuneiden lisäksi Uudenmaan väestössä infektoituneita olisi n. 3,4 %
    1 692 716 väestöstä tämä olisi 57 575 infektoitunutta (vasta-aineita omaavia)?

    1. Katsoin myös noita lukuja. Joissakin otoksissa 0% positiivisia. Minusta noista voi tässä vaiheessa kertoa vain, että positiivisten määrä on nollan ja 3 prosentin välillä.

  40. En ole lukenut kommenttiketjua läpi, joten joku on voinut jo aiemmin kiinnittää huomiota tähän. Koronavirusvasta-ainetestillä haetaan henkilöitä, jotka ovat infektoituneet viruksella, oireellisesti tai oireettomasti. Testin kehityksessä pitää saada seerumeita henkilöiltä, jotka ovat virustestissä olleet positiivisia (varmistetusti). Seerumit pitää kerätä viikkoja positiivisen virusnäytteen annon jälkeen. Vastaavasti pitää kerätä suunnilleen sama määrä seerumeita henkilöiltä, jotka varmistetusti eivät ole kohdanneet virusta. Nyt näistä seeruminäytteistä saadaan vasta-ainearvot, jotka ikävä kyllä eivät täydellisesti erota näitä kahta populaatiota toisistaan. Vasta-ainetestin parametrit ovat: herkkyys = positiivisten seeruminäytteiden osuus kaikista viruspositiivisista henkilöistä ja tarkkuus = negatiivisten seeruminäytteiden osuus henkilöistä, jotka eivät ole tavanneet virusta. Testin kehittäjä valitsee raja-arvon, jonka yläpuoliset lukemat hän nimeää positiivisiksi ja alapuoliset lukemat negatiivisiksi. Yksilöllisestä vaihtelusta johtuen positiivisiin näytteisiin tulee mukaan vääriä positiivisia ja negatiivisiin näytteisiin vääriä negatiivisia eli oikeita positiivisia. Raja-arvon määrittelyllä testin kehittelijä määrittää herkkyyden ja tarkkuuden arvon. Jos halutaan herkkyyttä kasvattaa niin samalla pienennetään tarkkuutta ja päinvastoin. Jos on testattu 100 seeruminäytettä virusinfektoituneilta ja saadaan 97 vasta-ainepositiivista ja 3 väärää negatiivista, niin testin herkkyys on 97 %. Jos sadasta seeruminäytteestä virusnegatiivisilta henkilöiltä 95 on on oikeita negatiivisia ja 5 vääriä negatiivisia eli OIKEITA POSITIIVISIA, niin testin tarkkuus on 95%.
    Kun tällä tavoin testin parametrit on määritelty, testitulos ei ole riippuvainen populaatiosta, mistä näytteet on kerätty. Positiivinen näyte on 97% varmuudella oikea positiivinen ja negatiivinen 95% varmuudella oikea negatiivinen.
    Kun lehtiartikkeleita lukee, herää kysymys onko THL:n testi ollenkaan kehitetty näiden periaatteiden mukaan? Sinäkin sanot tekstissäsi, että taudin yleisyys vaikuttaa testitulokseen. Ei vaikuta, jos testin kehitys on tehty oikein.
    Kiinalaisartikkelin mukaan täytyy testata yhdistetysti koronavasta-aineet IgM ja IgG, sillä IgM näkyi häviävän jo kahdessa viikossa.

    1. Kuvauksesi on muuten ihan oikein mutta et ota huomioon, että kun tuota kehitettyä testiä käytetään toisessa populaatiossa, kuin missä se on kehitetty, sen toisen populaation sairauden esiintyvyys vaikuttaa noihin sensitiivisyys- ja spesifisyys-arvoihin. Lisäksi nyt käytetään suuretta, joka kuvaa positiivisen tuloksen ennustearvoa eli PPV. Tämä riippuu huomattavasti siitä kuinka paljon on positiivisia tapauksia väestössä. Kyse on täysin universaalista ilmiöstä ja tätä kuvataan kirjallisuudessa ns bayesilaisena metodina.

      1. Valitettavasti olet väärässä. Jos testi on rakennettu niinkuin sen kuvasin, niin se antaa missä tahansa populaatiossa 97% oikeita positiivisia. Jos siis on saatu satunnaisessa populaatiossa testin mukaan 100 vasta-ainepositiivista niin niistä todennäköisesti 97 on oikeita. Jos on saatu alle 10 positiivista, niin todennäköisesti ne ovat kaikki oikeita positiivisia. Eli, jos on testattu 1000 seerumia, joista on saatu 1% eli 10 positiivista tulosta, niin ne kaikki todennäköisesti oikeita positiivisia. 99% seerumeista on siis negatiivisia mutta 95%:n tarkkuudella siinäkin populaatiossa on 50 kpl oikeita positiivisia. Eli oikeita positiivisia näistä1000 näytteestä on yhteensä 60, eli 6% vaikka vasta-ainepositiivisia on siis vain 1%. Minulla ei ole tietoa, miten THL:n testi on rakennettu, mutta ilmeisesti ei ainakaan siten, miten vasta-ainediagnostiikan oppikirjoissa opetetaan.
        Tuntematta asiaa tarkemmin, niin saan käsityksen, että THL-testin kehitys ei ole perustunut varmennetuista virusinfektioista saatuihin seerumeihin, joista saadaan testin herkkyys. En ymmärrä mistä nämä parametrit herkkyys ja tarkkuus on saatu. Olen ymmärtänyt Hesarissa esiintyneen kritiikin perusteella, että THL ei ole avannut testinsä yksityiskohtia.
        Toistan vielä: vasta-ainetestillä niinkuin minä sen kuvaan, saadaan selville mistä tahansa populaatiosta kuinka monta yksilöä tästä populaatiosta on kohdannut koronaviruksen. Käytät termiä sairauden esiintyvyys, liekö epätarkka kielellinen ilmaus. Minun kuvaamallani vasta-ainetestillä saadaan selville viruksen kohdanneet henkilöt, riippumatta siitä ovatko he sairastuneita tai oireettomia viruksaen kantajia.

  41. korjaus: 97 vasta-ainepositiivista ja 3 väärää positiivista…

  42. Onko siitä vielä tietoa, että kuinka kauan IgM säilyy veressä ja kuinka kauan kestää tartunnan jälkeen, että IgG nousee? Voiko IgG:n nousussa kestää jopa yli kuukausi?
    (Tuli siis positiivinen IgM ja negatiivinen IgG tulos pikatestistä. Flunssaa on ollut melkein koko ajan viimeisen 1,5kk aikana)

    1. Minulla ei ole tietoa. Luulen, että koronan vasta-aineiden osalta emme tiedäkään tätä. Yleisesti näiden välillä on aikaero niin että IgM syntyy ensiksi.

      1. Niinpä niin ja IGG-A PUUTOKSET.JA IGE-VASTA-AINEET.IGG-alaluokkapuutokset TÄMÄ ON TUTKIMUKSENALAINENVIRUS,JOSTA EI ITSEASIASSA VIELÄ TIEDETÄ PALJONKAAN.Mutta herättää kansoissa hirvittävästi pahaa oloa.Eihän siitä voi kertoa,kun on tutkittu ensin.SELLAINEN VIRUS JA SEKAVIRUKSET YM.MUUT PÖPÖT YHDESSÄ?VOISITKO KENTIES KYSÄISTÄ INFEKTIOLÄÄKÄREILTÄ.OLLETEN LIIKESALAISUUS.HYVIÄ VOINTEJA JA KEVÄTTÄ.

  43. Mitenkä erotetaan vain igg ja igm mittaamalla korona esim. Borreliasta, homeallergiasta, keltakuumerokotuksen vaikutukselta, jne. Eikö koronaan ole spesifimpiä vasta-aine mittausta?

    1. Kukin IgG ja IgM ovat tautispesifisiä. Ei sekoitu muihin sairauksiin.

  44. Tarkennan edellistä kysymystäni, eli onko näistä mainituista va pooleista erotettavissa taudille omat antigeenit, jotta infektio ei sekoitu muiden tautien vasta-aine muutoksille?

    1. Kukin IgG ja IgM ovat tautispesifisiä. Ei sekoitu muihin sairauksiin.

  45. Haluan vielä lisätä aiempaan esitykseeni sen, että testinkehittäjä voi nostaa kynnysarvon niin korkeaksi, ettei positiivisten joukkoon tule yhtään negatiivista ts. kaikki positiivisen vasta-ainetuloksen saaneet ovat oikeita positiivisia eli koronaviruksen infektoimia. Tämä tietenkin tietää sen, että tarkkuus kärsii, eli negatiivien tuloksen saaneissa on lisääntynyt määrä oikeita positiivisia. Herkkyys on nyt 100%, mutta tarkkuus voi olla vain ehkä 85%. Nyt siis kaikki positiivisen tuloksen antaneet henkilöt voidaan identifioida ja päästää esim. karanteenista. Varjopuolena on se, että negatiivisten joukossa on 15% oikeita positiivisia, mutta tulosten perusteella ei voi päätellä ketkä negatiivisten joukosta ovat niitä henkilöitä, jotka ovata oikeita positiivisia. Tämä tulos ei siis ole mitenkään riippuvainen siitä kuinka paljon tautia esiintyy populaatiossa.

    1. Juuri näin. Paitsi arvauksesi herkkyyden laskusta on kovin optimistinen. Jos nyt PPV on 10% (esiintyyvyys 1%) niin jotta tuon PPV:saisi vaikka 90% tasolle pitää NPVstö tinkiä roppakaupalla.

  46. Lainaus tekstistäsi: ”Kun tauti on testattavassa väestössä harvinainen, kuten tilanne koronan osalta tällä hetkellä on, vääriä positiivisia tuloksia tulee hurjasti enemmän kuin oikeita positiivisia, vaikka testi olisi toimiva”

    Kun ihmiskunta ei ole koskaan aikaisemmin tavannut SARS-CoV2:ta, niin mistä voi tulla vääriä positiivisia? Testihän ei ole ollenkaan toimiva, jos se antaa positiivisen tuloksen henkilölle, jolla ei ole viruksen vasta-aineita. Jos taas tapahtuu ristireaktioita muiden SARS-virusten antigeenien kanssa, niin silloin testiin on valittu väärä antigeeni eikä testi toimi.
    Blogisi otsikko: Vasta-ainetestit eivät kykene poimimaan väestöstä niitä yksilöitä, jotka ovat immuuneja koronalle” on harhaanjohtava. Kukaan ei tiedä vielä saavatko vasta-aineet aikaan immuniteetin koronalle. Mutta se on varmaa, että oikein tehdyllä vasta-ainetestillä positiivisen tuloksen saanut henkilö on infektoitunut koronalla riippumatta taudin yleisyydestä. Huomattava on että infektoituneita jää tällöin negatiivisten joukkoon, eikä niitä pystytä tästä joukosta identifioimaan.

  47. Tutkin vielä esittämääsi taulukkoa. Nyt ymmärrän mitä tarkoitat. Tosiaan noiden tulosten valossa taudin esiintyvyys vaikuttaa. Mutta, mutta, kuka itseään kunnioittava testin kehittäjä (en minä ainakaan) päästäisi käsistään testin, jossa puolet positiivisista on vääriä positiivisia. Raja-arvo on täysin väärin valittu tai antigeeni ei ole sopiva. Testi ei siis toimi. Niinkuin jo sanoin, mistä terveet ihmiset ovat saaneet SARS-CoV2:n vasta-aineita?
    Positiivisesti ajateltuna taulukon yläosan tuloksillakin joka toinen on oikea positiivinen.

    1. Esa-Matti Lilius, mitä jos joillain ihmisillä oli valmiiksi SARS-CoV2:n vasta-aineita, jo ennen tätä epidemiaa? Aasiassa on ollut SARSIA aiemmin ja koronaviruksia yleisesti esiintyy eläimillä.

  48. Laskinpa vielä taulukon yläosan siten, että asetin viitteellisen raja-arvon siten, että väärät positiiviset vähenivät kymmenenteen osaan ja väärät negatiiviset lisääntyivät 10-kertaisesti. Testimäärät ja sairaiden ja terveiden määrät ovat samat kuin taulukossa. positiivisia sairastuneita on nyt 450 ja positiivisia terveitä 48. Negatiivisia sairastuneita on 50 ja negatiivisia terveitä 9452 eli yhteensä sairaita on edelleen 500 ja terveitä 9500. Taudin esiintyvyys on siis edelleen 5%.
    Nyt testin herkkyys on 90% ja testin tarkkuus 99%. PPV on 90%. Rukkaamalla raja-arvoa saatiin siis vain 5% taudin esiintyvyydellä ennustettavuus 90%:iin.

    1. Mitenkähän tuon rukkauksen teit, kun meillä ei ole tietoa kuinka paljon herkkyys laskee, kun tarkkuus nousee? Kyseessä on keinulauta, jonka toiminnasta meillä ei ole tietoa ilman raakadataa elin ns ROC-käyrää, joka on vain testin kehittäjällä.
      Katso tuota taulukon alempaa osaa, jossa on arvioitu paljonko tarkkuuden tulisi olla, jos halutaan riittäävä PPV 5% esiintyvyydellä. Vastaus oli 99,4%, ja tällöin pidin herkyyden muuttumattomana (95%). Tällaista testiä ei ole edes olemassa. On todennäköistä, että herkkyys putoaa reilusti.

      ROC-analyysistä löytyy mm. https://en.wikipedia.org/wiki/Receiver_operating_characteristic

  49. Lähdin olettamuksesta, että sekä positiiviset, että negatiiviset testiarvot noudattavat suunnilleen normaalijakautumaa. Eli kun nostin raja-arvoa ylöspäin siten, että viiden asemasta nyt jäikin 50 sairastunutta raja-arvon alapuolelle testinegatiivisiksi. Vastaavasti terveitä positiivisia, joita taulukossasi oli 475 raja-arvon nostamisella jäi enää positiiviselle puolelle 48. Mistä päädyin tällaiseen jakautumaan? Koska sairaita oli vain 5% kaikista niin periaatteessa yhtä sairastanutta viivan alle jäänyttä pitäisi vastata 20 viivan päälle jäänyttä tervettä. Tämä tietäisi 900 tervettä, mutta kun niitä oli vain 475, eli päättely ei ole hyvä. Siksi päädyin suhteelliseen lukuun 10-kertainen lisäys viivan alle jääneisiin sairaisiin ja kymmeneteen osaan vähennys viivan päälle jääneisiin terveisiin. Tällöin tassä muutetussa populaatiossa on sairaiden suhde terveisiin kaksinkertainen (10%) verrattuna koko populaation sairaiden määrään. Jos se olisi paljon suurempi, esim 50%, niin silloin terveiden positiivisten testiarvojen pitäisi olla hyvin lähellä alkuperäista raja-arvoa, sen yläpuolella, jolloin olisi tyhmyyttä pitää raja-arvoa siinä, kun pienellä nostolla saataisiin sensitiivisyys putoamaan ehkä 97%:iin, mutta spesifisyys paranemaan vaikkapa 98%.iin.
    Tämä on tietenkin täyttä spekulaatiota kun ei tunneta kummankaan ryhmän testitulosten jakautumaa.
    Et ole vielä ottanut kantaa mistä voi johtua näin suuri terveiden henkilöiden positiivinen testitulos?

    1. ”mistä voi johtua näin suuri terveiden henkilöiden positiivinen testitulos?”

      Siitä, että testi ei ole täydellinen. Testin havaitsemaan signaaliin määritetään optimaalinen jakokohta, jonka kohdalla saadaan sekä herkkyys että tarkkuus optimoitua. Mikään biologinen testi ei ole joko-tai vaan jatkuva muuttuja, johon testin kehittäjä määrittää ns cutoff-rajan.

      Sitten kun testiä sovelletaan väestöön, jossa tauti on harvinainen, seuraa tilastollinen ilmiö, jossa PPV on matala.

  50. Hei onkohan Mehiläisen testi tarpeeksi tarkka jos kyseessä henkilö jolla oli maaliskuussa koronaan sopivia oireita? Oireet tosin yhtä aikaa influenssakauden kanssa eli vähentää tarkkuutta. Mehiläisen pikatestien positiiviset tulokset varmistetaam IgM- tai IgG, riittäkö tämä että olisi esim. 90 % luotettavuus positiiviselle tulokselle kys. henkilölle? Vai pitäökö olls myös joku IgA vai mikä onkaan….siis puhutko kirjoktuksessasi pikatestistä, lisääkö tuo IgM ja IgG luotettavuutta paljon? Että yksitäöisen kannartaa tarkistaa? Toisaalta onha aika epötodennäköistä edes 3% populan sairastavuudella että henkilöllä se okisi ollut,tosin oli sairastumista edeltävmä päiväm palannut 2000 henkilön tapahtumasta….

    1. Postiiviinen pikatesti on aina epäluotettava, jos tilanne on tällainen kuin se on onneksi toistaiseksi ollut eli vain hyvin pieni osa väestöstä on sairastanut. Luotettavuus paranee, jos positiivinen tulos varmistetaan toisella testillä.
      Testauksen luotettavuus on myös parempi, jos henkilön todennäköisyys olla sairastanut on suurempi. Esimerkiksi, jos on ollut kontaktissa tunnettuun koronapotilaaseen. Aikaisemmat koronan sopivat oireet nostavat myös todennäköisyyttä mutta ei kovin poaljoa sillä oireisten virustesteistäkin alle 1/10 on ollut positiivinen.

      1. Kiitos vastauksesta, harmi kun Mehiläiseltä en ole saanut vastausta heidän testistään että mikä luotettavuus heidän testillään, kun tutkittuani asiaa luotettavuuden pitäisi olla 99,4% ainakin että kannattaa. Pitänee kai odottaa

  51. Erinomainen kirjoitus. Jos ymmärsin oikein, niin luotettava positiivinen vasta-ainetestitulos yksilön tasolla saadaan, jos vasta-aineita on veressä paljon (tiitterin mittaus). Voiko tällaiseen tiitterin mittaukseen päästä suoraan ilman välivaiheita? Jos sattuisi niin onnekkaasti, että veressäni on paljon noita vasta-aineita ja tiitterin mittauksessa ne löydettäisiin ja siten voitaisiin todeta varmuudella, että olen ko. taudin sairastanut, niin voisin huolettomammin tehdä auttamistyötäni.

    1. Jos tiitteri on korkea kvantitatiivisessa vasta-ainemittauksessa, toki varmuus on suurempi.

  52. Kiitos mielenkiintoisesta sivustosta.

    Nyt on kulunut 3 viikkoa postauksestasi. Onko testien herkkyyksissä ja tarkkuuksissa tapahtunut parantumista? Missä mennään nyt? Kuinka hyväksi vasta-ainetestien herkkyys ja tarkkuus voivat nousta? Onko ennustettavissa milloin testeihin kannattaa mennä? Tänä kesänä, loppuvuodesta, vuoden kuluttua..

    Voitko ennustaa/arvata kuinka moni on sairastanut Koronan vuoden lopulla ja viiden vuoden päästä? Suomessa ja maailmalla?

    1. Odotan aiheesta tietoa koko ajan. Nythän varmaan saamme tietää, kuinka paljon sairastaneita on esim Tukholmassa ja New Yorkissa. Tämän perusteella voimme arvioida milloin esim Suomessa voitaisiin olla riittävän korkealla. Tällä hetkellä vaikuttaa, että ollaan vielä jossain 1-2% tasolla.

      1. Miten tällä viikolla julkistettu lisätieto Uudenmaan vasta-ainetestauksesta muuttaa em. arviotasi (1-2 %) – vai muuttaako? Voiko 516 näytteen perusteella ylipäätään vetää vielä johtopäätöksiä? Näytteiden edustavuus?

        ” Tutkimuksessa on tutkittu nyt 516 näytettä. Positiivisiksi on todettu 11 näytettä seulontatestissä. Yhdeksän näistä on tutkittu neutralisaatiotestillä ja näistä vain yksi on ollut positiivinen.”

      2. Odottaisin kyllä hieman suurempaa mittausmäärää, koska taudin ollessa harvinainen, myös satunnaisuus voi tehdä temppuja. Havainto sopii kyllä hyvin tuohon Bayesilaiseen arvioon, että pikatestissä tulee paljon vääriä positiivisia. Nythän vain 10% pikatestipositiivisista osoittautui todelliseksi. Toki, kun luku on yksi kpl, ei kannata tehdä suuria johtopäätöksiä sillä jo luku 2 kpl antaisi erin tuloksen.

        Mutta kyllä tuo havainto tukee sitä, että tautia ei ole edes pääkaupunkiseudulla ollut kovin laajasti väestössä. Tuo arvioni jostain 1-2% tasosta ei ole varmaan kovin kaukana todellisuudesta. Mitään laumasuojaa ei tietenkään tällä sairastavuudella ole syntynyt eikä lähiaikoina mitenkään syntymässä.

  53. Hei. Ymmärsin suurimman osan tekstistä mutta jos ajatellaan kahta vaihtoehtoa:

    1. Olen ollut kotona 6 viikkoa käymättä missään muualla kun kävelyllä, ruoat kotia.
    – testistä ei hyötyä koska taudin levinneisyys pieni

    2. Olen ollut kotona 4 kk käymättä missään muualla (jatkuu samanlain kuin ylempi)—
    – kuvitellaan että levinneisyys nyt vaikka 30 % ihmisistä ja testistä tulisi olla hyötyä. Mutta onko testi siis myös minun kohdalla vaihtoehdossa 2 luotettavampi kuin vaihtoehdossa 1, vaikka olisin ollut koko ajan kotona? Vai olenkohan vielä todennäköisesti se virhepositiivinen verrattuna niihin jotka kulkevat ympäriinsä edes vähän (kaupassa yms.)? Lisääntyykö luotettavuus testiin minun kohdalla myös taudin levitessä vaikka minä en kävisi missään?

    1. Jos kohdassa 2 olet kyennyt tehokkaasti eristämään itsesi, ei testi ole yhtään tehokkaampi, sillä voidaan olettaa, että todennäköisyys sairaudelle on hyvin pieni.

  54. Merja Rantalan virhe on tässä: ”Eli jos testin spesiifisyys on 90%, se tarkoittaa, että 1/10 testituloksesta on väärä positiivinen.” Tämä on totta populaatiossa, jossa kenelläkään ei ole virusta, mutta yleispätevä totuus se ei ole. Rantalan A-B-C-D nelikenttä on oikea, mutta hänen siitä tekemänsä johtopäätökset vääriä.

    Rantala kirjoitti: ”Jos esimerkissä testin tarkkuus eli spesifisyys on 90%, on 10% todennäköisyys, että testi – missä tahansa prevalenssitilanteessa – on virhepositiivinen.” Väärin. Jos populaatiossa jokaisella on virus, ovat kaikki positiiviset testitulokset oikeita positiivisia. Vääriä positiviisia on silloin nolla prosenttia.

    1. Päättelen sen vain siitä, mitä tuloksia muissa maissa on vasta-aineiden osalta saatu, myös Pohjoismaissa. Tämä luku on siis arvio, eikä perustu mihinkään kovaan dataan Suomesta, kun sitä ei ole. Jos pääkaupunkiseudulla epidemia on ollut kuitenkin samaa luokkaa kuin monissa Pohjoismaissa voisi olettaa, että oltaisiin tuosa tasossa. Tukholman alueella on arvioitu jopa 20% tasoa mitä en kyllä usko, ennen kuin tulokset osoittavat.

      Tuon yhden vasta-ainevastauksen perusteella ei kannata laskea prosenttilukua väestölle. Jos olisi ollut esim 4 muuta tapausta, luku olisi jo 1%. Kovin helposti luku muuttuu ja virhemarginaali on suuri. Tarvittaisiin oikeasti enemmän kuin 1000 henkilöä, eri ammatti- ja ikäryhmistä, jotta saisi luotettavan käsityksen. Kuitenkin voidaan toki päätellä, että kovin korkea se %-luku ei voi vielä olla missään tapauksessa, sillä nuo 11 pikatestipostiviista olisi sekin vain 2%.

      1. Kiitos, siis meiltä Suomesta toistaiseksi puuttuu data. THL voisi sanoa sen suoraan.

        Miksi dataa ei ole – eikö testausta kannata pienen penetraation maassa tehdä? Odotellaan tilanteen ”kypsymistä”?
        Vai tehdään aika-ajoin vasta-ainetestejä pienillä otoksilla ja tuotetaan näin pitkittäisdataa?

      2. Ei ole järkeä käyttää rahaa liian aikaisin vasta-ainetestauksiin sillä niistä ei ole hyötyä.

  55. Aika huolestuttavaa että oliko Ilta- lehdessä vai sanomissa ollut juttu noin 50 v. Maijusta niin hänenkin kohdallaan ensimmäinen testi ei paljastanut koronaa vaikka oli jo silloin sairaalahoidossa,vasta toinen testi paljasti koronan.Niin sitten tuonkaan perusteella hieman mietityttää että kannattaako edes yhtä testausta vain tehdä vasta-aine testin kohdallakaan koronassa vai pitäisikö aina tehdä kaksi vasta-aine testiäkin ja eri päivinä ja eri valmistajien testit,koska epäilyttää pitävätkö ilmoitetut herkkyys ja tarkkuus luvut kuitenkaan paikkaansa..Kaikki kun yrittävät saada tuotettaan myydyksi niin terveysalalla kuin muillakin aloilla.Kiitos kun yritätte täällä kuitenkin selittää asioita ihmisille.

    1. Eikö tuossa ollut kysymys kuitenkin viruksen PCR-testistä? Tämän testin tulos tunnetusti riippuu infektion vaiheesta.

  56. Kiitos mielenkiintoisesta keskustelusta.
    Omalta osaltani pikatesti näytti igg positiivinen ja igm negatiivinen. Samoin tulos oli vaimolla ja ja vaimon pojalla. Eli kolme tulosta positiivinen ja varmistustestin tulos vielä saamatta (noin viikon päästä saataneen).
    Maalaisjärjellä todennäköistts kasvaa, kun samassa perheessä kolmella tulos oli positiivinen ?

    Yritin päätellä tästä keskustelusta jonkun analyysin, kun vaimo intti, että miten positiivinen tulos voisi olla negatiivinen. Yritin järkeillä hänelle niin, että jos ajatellaan veressä olevan 100 hiutaletta ja nyt tutkitaan pikatestillä, että jos 20 hiutaletta viittaa koronaa, niin tulos on positiivinen ja jos nostetaan rajaa 40 hiutaleeseen, voisi tulos olla negatiivinen vaikka totuus on postiivinen…menisikö näi maalaisjärjellä ?

    Kimmo

    1. Juuri niin.
      Mutta jos teistä kaikki 3 samassa perheessä ovat positiivisia ja sitten teillä onb ainakin osalla ollut infektioon sopivia oireita taikka selvä altistus, voisi kuvitella, että kaikki eivät ole vääriä positiivisia. Tosin nyt ilmeisesti osa kenen tahansa tilaamista pikatesteistä on ollut laadultaan heikkoja ja ne näytetään nyt kiellettävän.

      1. Testilaitteet:Eikös se ollut niin,että niitä on tilattu Yliopistollisiin Keskussairaaloihin ympäri Suomea.Tokihan ne on otettava käyttöön.Ymmärsinkö oikein.Ovat olleten kalliita laitteita.Sarssiinkaan ei ole vielä rokotetta,ebola,Mers ym…..Taudinkuvasta on vain annettu todella monenlaista tietoa,joka voi liittyä moneen muuhunkin tautiin.Joku ihmetteli IGA:ta,se on ihmisillä ,joilla ei immuunipuolustus toimi normaalisti.Puhuit rokotevastaisuudesta,niin täytyy sanoa,että herättää kyllä aika paljon hämmennystä rokotetta ottaa,kun sitä aletaan antaa.Tieto rönsyilee niin paljon vielä.Eikös tähän olla valmistelemassa uutta Lakia,koska geeninäytteisiin vaaditaan henkilökohtainen lupa,kuten biopankkiinkin.Mitä mieltä olet,vastausta odotellen.Kiitos

      2. Vasta-ainetestit kaksivaiheisina ovat luotettavia. Nyt tuo tarkkuusongelma koskee lähinnä pikatestejä. Niiden avulla saadaan tietää kuinka laajalle tuti on levinnyt.

        Rokotuskysymystäsi en oikein ymmärtänyt. Mitä kysyt?

  57. Hei! Ehkä häiritsen turhalla kysymyksellä, mutta pohdin vasta-ainetestin hyödyllisyyttä omalla kohdallani. Sairastuin myös koronan aiheuttamaan sairauteen sopiviin oireisiin, mutta vielä silloin ei testattu lieväoireisia. Tästä 4pvn kuluttua puolisoni sairastui. Seuraavalla viikolla testauskäytäntöä höllennettiin. Puolisoni tulos oli positiivinen ja omani normaali. Voinko vain olettaa sairastaneeni koronan aiheuttaman taudin ilman vasta-ainetestiä?
    Mitä mieltä ylipäänsä olet normaalin/negatiivisen testituloksen saaneiden testaamista vasta-aineen suhteen?

    1. On kyllä varsin todennäköistä, että olet sen sairastanut. Koska vasta-ainetestin tuloksella ei ole tällä hetkellä vaikutusta mihinkään, sitä ei välttämättä kannata tehdä. Jos kuitenkin haluat varmistaa, asiallisen testin tuloksen voi katsoa olevan kyllä luotettava.

      Jos on sairastanut taudin, joka sopisi olleen korona mutta PCR-testi viruksen suhteen oli negatiivinen, vasta-ainetesti voisi kertoa, onko sen kuitenkin sairastanut. Vasta-ainetestin tarkkuus pitäisi olla hyvin korkea. PCR-testin herkkyys on jotain 50-70% luokkaa. Tälläkään tiedolla ei ole suurta merkitystä käytännössä. Emme tiedä suojaavatko vasta-aineet varmasti kuitenkaan henkilöä.

    1. Tuolla tarkkuudella päästään jo aika hyvään tulokseen. Tosin kun tapauksia on ilmeisesti selvästi alle 1% tuohaan ei valikoimattoman väesön osalta riitä.

Jätä kommentti

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista. Pakolliset kentät on merkitty *